São órgãos que têm a finalidade de materializar as acções de formação, investigação científica e extensão e têm subordinação directa do Reitor. São Unidades Orgânicas Permanentes da ACITE as seguintes: a) Instituto de Estudos Avançados em Ciências, Engenharias e Tecnologias; b) Centro de Estudos Estratégicos e de Segurança; c) Centro de Investigação Científica Multidisciplinar; d) Centro de Estudos de Línguas