É o Departamento Ministerial auxiliar do Titular do Poder Executivo que tem por missão conceber, formular, executar, monitorizar, fiscalizar e avaliar as políticas públicas e programas sectoriais do Executivo, nos domínios do Ensino Superior, Ciência, Tecnologia e Inovação. O MESCTI integra a Administração Central Directa do Estado e possui serviços internos e pessoas colectivas públicas, sob sua direcção e superintendência