É uma unidade orgânica que se dedica principalmente ao desenvolvimento de actividades de investigação científica associadas à formação pós-graduação nas diferentes áreas do conhecimento científico. Goza de autonomia científica, administrativa e financeira, nos termos a estabelecer no regulamento próprio. Possui uma ou mais linhas de investigação científica na Área de Educação Física e Desportos. É dirigido por um Director, com categoria de Professor ou Investigador, com o grau de Doutor e com mérito comprovado através de trabalhos de investigação científica e publicações, a nomear por Despacho do Director-Geral. As competências do Centro de Estudos e de Investigação Científica em Educação Física e Desporto são definidas por um regulamento próprio a ser aprovado pelo Conselho Científico